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Die Begründung ist anders: Das Wort Zoologie, das es mit kleinen Unterschieden in vielen Sprachen gibt, geht letzten Endes auf zwei Wörter aus dem Altgriechischen zurück: zóon für Tier und lógos für Lehre (beide Wörter haben auch andere Bedeutungen). Die Darstellung der griechischen Wörter mit lateinischen Buchstaben ist natürlich auch schon eine Umformung. Man sieht, dass zwei "O"s richtig sind und dass beide zum ersten Teil des Wortes gehören.
Das Wort Zoo ist dagegen eine Verkürzung von zoologischer Garten, die sich in der Umgangssprache entwickelt hat (eigentlich ist es eine Verstümmelung). Es tritt heute wie ein eigenständiges Wort auf, und die Bedeutung ist allen klar.
Dass man den Anfang von Zoologie usw. mit zwei getrennten "O"s spricht und nicht mit einem langen "O", kommt wahrscheinlich aus dem griechischen Ursprung und/oder aus anderen Fremdsprachen, über die das Wort zu uns gekommen ist. Es ist jedenfalls kein Hinweis darauf, dass das zweite "O" zum zweiten Teil des Wortes gehören würde. Beim Zoo ist die Sprechweise verändert, man spricht ein langes "O".
Übrigens habe ich tatsächlich schon von Zoo-ologie oder Zoo-ology gelesen. Das war im Titel von Kinderbüchern über Tiere und vielleicht nicht ganz ernst gemeint.