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Es gibt offenbar unterschiedliche Fälle zu unterscheiden.

• Pauschalierte Lohnsteuer im vereinfachten Verfahren

Nach einer Quelle wird hier eine pauschale Kirchensteuer von jedem Arbeitslohn abgezogen. Dabei spielt die tatsächliche Religionszugehörigkeit keine Rolle. Die Vereinfachung ist ja gerade, dass nicht jeder Arbeiter einzeln angeguckt wird. Die Kirchensteuerpauschale ist natürlich etwas niedriger als die reguläre Kirchensteuer.

• Pauschalierte Lohnsteuer im Nachweisverfahren

Hier wird die volle Kirchensteuer abgezogen. Aber nur dann, wenn der Arbeiter tatsächlich zu einer Religionsgemeinschaft gehört, die in Deutschland Kirchensteuern haben will. Bei polnischen Arbeitern ist das natürlich ganz überwiegend die katholische Kirche. Wie hier das Territorialprinzip (siehe unten) gehandhabt wird, kann ich nicht sagen.

• Individuelle (normale) Lohnsteuer

Hier ergibt sich die Kirchensteuer zunächst aus der tatsächlichen Religionszugehörigkeit. Nach einer Quelle gilt aber das Territorialprinzip: Die deutsche Kirchensteuer wird nur abgezogen, wenn der Arbeiter einen "gewöhnlichen Aufenthalt" oder einen "Wohnsitz" in Deutschland hat. Das kann allerdings vorübergehend sein (also kein "fester Wohnsitz"). Laut der Quelle entsteht die Kirchensteuerpflicht, wenn die Aufenthaltserlaubnis länger als sechs Monate gilt.

• Woher weiß die Behörde eigentlich, dass der Arbeiter (z.B.) katholisch ist?

Eigentlich kann sie das nur von ihm selber wissen, z.B. weil er es mal in irgendein Formular geschrieben hatte. Falls er bei der Religion immer einen Strich gemacht hätte, dürfte ihm bei der individuellen Lohnsteuer und beim Nachweisverfahren keine Kirchensteuer abgezogen werden (gilt aber nicht für das vereinfachte Verfahren). Eine Nachforschung in polnischen Taufregistern ist zwar prinzipiell möglich, aber m.E. nicht sehr wahrscheinlich.