Was bedeutet JA, wenn damit nicht YES gemeint ist?

Das "ja" hat hier eine andere Funktion als bei der Beantwortung einer Frage. Es sind unterschiedliche Bedeutungen möglich, wobei sich beim Sprechen die Betonung unterscheiden kann.

In den genannten Beispielsätzen kann man das "ja" durch Wörter wie "bekanntlich", "tatsächlich", "wirklich", "sowieso", "eh" (nur Umgangssprache), "schon", "ohnehin", "ohnedies" ersetzen, oder auch mit ihnen kombinieren:

• Das ist tatsächlich gemeint, ...
• Damit ist bekanntlich gemeint, ...
• Aber genau das wird ja schon gemacht.
• Das muss eh gemacht werden.
• Endlich wird die Aufgabe wirklich erledigt. 

In allen diesen Fällen ist die Aussage des Satzes keine Neuigkeit, sondern ein Hinweis auf etwas, das bereits bekannt sein sollte. Ohne die Einfügung wären die Sätze trotzdem vollständig, aber sie klängen so als ob die Aussage etwas Neues wäre.

Da das "ja" in solchen Sätzen meistens ein bequemer Ersatz für ein umständlicheres Wort ist, spricht man es kurz und ohne Betonung.

Man kann mit "ja" auch einen Satz oder Nebensatz einleiten, der eine zuvor gemachte Aussage verstärkt:

• Das war eine schöne Feier. Ja, sie war toll.
• Das war sehr klug, ja richtig genial.

Eine ganz andere Bedeutung ist das Betonen einer Aufforderung:

• Mach das ja nicht!
• Wasche dir vor dem Essen ja die Hände!

Hier ist das "ja" ein Signalwort mit drohendem Unterton. Es ändert nichts an der Aussage, betont aber die Ernsthaftigkeit der Aufforderung. In solchen Sätzen wird es lang und vor allem betont (oder sogar laut) gesprochen.

Nebenbei kann das "ja" beim freien Sprechen auch ein Füllwort ohne besonderen Inhalt sein, so ähnlich wie "äh".